Los Colegios Oficiales de una misma Comunidad Autónoma se agrupan en los Consejos Autonómicos de Farmacéuticos. Su objetivo es representar y defender los derechos de sus colegiados ante la Administración autonómica. Actualmente, están constituidos Consejos Autonómicos en Andalucía, Aragón, Canarias,  Castilla – León, Castilla – La Mancha, Cataluña, Extremadura y País Vasco y Valencia.